Rafael Puente del Río alertó sobre el exceso de poder que ha adquirido Javier Aguirre en la Selección Mexicana y pidió que la FMF coloque a alguien con mayor autoridad para que se alinee a los valores del Tri, esto tras lo sucedido en Honduras.
Algunas de las polémicas más destacadas en las que se ha visto envuelto Aguirre con la Selección Mexicana son:
- Incidentes con aficionados: En algunos partidos, ha tenido roces con la afición, ya sea por gestos, declaraciones o decisiones que no han sido bien recibidas.
- Decisiones de convocatoria: Sus convocatorias siempre han generado debate, pues ha dejado fuera a jugadores importantes y ha incluido a otros que no eran del grado de la afición.
- Resultados irregulares: A pesar de ser un entrenador experimentado, los resultados de la Selección bajo su mando no siempre han sido los esperados, lo que ha generado críticas por parte de los medios y los aficionados.
- Estilo de juego: Su estilo de juego, a veces más defensivo que ofensivo, ha generado debate sobre si es el adecuado para la Selección Mexicana.
- Incidentes extradeportivos: Como el ya mencionado incidente con un jugador panameño en la Copa Oro, donde Aguirre fue expulsado por una agresión.